Jednym z najważniejszych problemów z zakresu ochrony lasu na terenie Nadleśnictwa Parczew  są zalesienia porolne, w różnym stopniu opanowane przez hubę korzeniową. W konsekwencji prowadzi to do obniżenia odporności biologicznej opanowanych drzewostanów oraz stwarza zagrożenie od czynników abiotycznych i szkodników wtórnych. W związku z tym w Nadleśnictwie na gruntach porolnych monitoruje się na bieżąco stan oraz ilość wydzielającego się posuszu, dba o odpowiedni stan sanitarny drzewostanów na gruntach porolnych. W celu ograniczenia rozprzestrzeniania się huby korzeniowej, w opanowanych przez nią drzewostanach,  po przeprowadzonych zabiegach pielęgnacyjnych powstałe pnie zabezpiecza się specjalnym preparatem. Najgroźniejszymi szkodnikami upraw i młodników występujących na terenie Nadleśnictwa są szeliniak sosnowiec oraz pędraki. W celu ochrony upraw przed szeliniakiem wykład się pułapki w uprawach gdzie stwierdzono jego podwyższone występowanie. W celu ograniczenia szkód związanych z żerowaniem pędraków w 2019 roku przeprowadzono zwalczanie imago chrabąszczy na powierzchni 3201,87 ha. Corocznie dokonuje się badania zapędraczenia gleby w miejscach zaplanowanych do odnowienia, w istniejących uprawach gdzie notuje się szkody, oraz na obszarze stałych pędraczysk. W ostatnich latach na terenie Nadleśnictw nie stwierdzono gradacyjnego występowania szkodników pierwotnych. W ramach profilaktyki i prognozowania zagrożenia prowadzi się corocznie jesienne poszukiwania szkodników pierwotnych sosny, oraz kontrolowanie ilości brudnicy mniszki. Bardzo ważnym sprzymierzeńcem leśników w walce z nadmierną ilością szkodliwych owadów są ptaki. W celu zwiększenia ich ilości i polepszenia warunków bytowych w lesie rozwiesza się budki lęgowe. W okresie zimowym, kiedy są trudności ze zdobyciem pokarmu leśnicy dokarmiają ptaki.   

Z uwagi na wysoki stan pogłowia zwierzyny na obszarze Nadleśnictwa corocznie zabezpiecza się najbardziej narażone uprawy grodząc je, bądź smarując drzewka repelentami. W ostatnich latach powierzchnia na której rejestruje się szkody od zwierzyny maleje. Świadczy to o odpowiednim zabezpieczeniu upraw oraz racjonalnie prowadzonej gospodarce łowieckiej.