Ochrona gatunkowa obejmuje okazy gatunków oraz siedliska i ostoje roślin, zwierząt i grzybów. Celem ochrony gatunkowej jest zapewnienie przetrwania i właściwego stanu ochrony dziko występujących na terenie kraju lub innych państw członkowskich Unii Europejskiej rzadkich, endemicznych, podatnych na zagrożenia i zagrożonych wyginięciem oraz objętych ochroną na podstawie przepisów umów międzynarodowych, których Rzeczpospolita Polska jest stroną, gatunków roślin, zwierząt i grzybów oraz ich siedlisk i ostoi, a także zachowanie różnorodności gatunkowej i genetycznej.

Na terenie Nadleśnictwa Parczew występuje bogata różnorodność rzadkich i chronionych gatunków roślin. Są w śród nich: widłak jałowcowaty i goździsty, wroniec widlasty, przylaszczka pospolita, pływacz drobny, rosiczka długolistna i okrągłolistna, naparstnica zwyczajna, lilia  złotogłów, turzyca bagienna, bluszcz pospolity i wiele innych gatunków.

Na terenie Nadleśnictwa spotkać można dużą ilość rzadkich i chronionych gatunków zwierząt. Jest wśród nich bóbr europejski, bocian czarny, bielik, orlik krzykliwy, żuraw, puchacz, grzebiuszka ziemna, kumak nizinny, padalec, żmija zygzakowata, zaskroniec zwyczajny, łoś, wilk oraz żółw błotny. Na terenie lasów będących w zarządzie Nadleśnictwa Parczew utworzono 28 stref ochrony ostoi, miejsc rozrodu i regularnego przebywania zwierząt objętych ochroną.